Paradox Soul — это основанная на исследованиях, выживающая Метроидвания, которая берет руку и выбрасывает ее в окно. Вместо того, чтобы рассказать обо всем игроку, единственный способ для доктора Алли Роуз выяснить, что происходит на особом испытательном объекте, — это спуститься глубже в кроличью нору и выяснить все самому.